SD IT Fajar Ilahi 3 menyediakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler sebagai sarana pengembangan minat, bakat, serta karakter siswa di luar kegiatan pembelajaran formal. Kegiatan ekstrakurikuler dirancang untuk mendukung visi sekolah dalam membentuk generasi yang cerdas, kreatif, dan berakhlak mulia.